La IUCN y la UNESCO la fundaron en 1959 y desde entonces ha trabajado en conjunto con el gobierno ecuatoriano.
Entre sus logros están la repatriación de la tortuga gigante, la recuperación de la población de iguanas terrestres y la eliminación total de los cerdos-especies no nativa de la isla Santiago.
También destacan la creación en las tres islas con población humana, la confrontación de una base de datos con la información de los invertebrados terrestres e importantes estudios acerca de las plantas y la reserva marina de la región.