Ya el día 4 de julio de 1844, Juan Pablo Duarte había sido aclamado en Santiago, Presidente de la República por Ramón Mella.

Al otro día, 11 de su llegada a Puerto Plata fue celebrado un Tedeum en la Iglesia San Felipe de Puerto Plata, en su honor, por el padre y seguidor del Fundador de la nacionalidad dominicana, Manuel González Regalado y en pleno púlpito exhortó a la feligresía presente a adherirse en torno a la egregia figura y personalidad de Duarte y a los verdaderos trinitarios.

De la iglesia se pasó al Ayuntamiento municipal de Puerto Plata, para celebrar un acto. En el mismo el Comandante de Armas de la Plaza, general Antonio López Villanueva, leyó y entregó al patricio Juan Pablo Duarte, el acta de proclamación de Puerto Plata, a su favor como Presidente de la recién iniciada República.

Su hermana ha dicho al respecto en sus “Apuntes de Rosa Duarte”, que copiado textualmente dice así:  “Se le aclama Presidente de la República, y recibe una comisión con el acta de pronunciamiento del pueblo que dice: Puerto Plata, julio 11 de 1844, 1 de la Patria.

Comandante General del Departamento

Sr. Gral. J. P. Duarte:

La copia adjunta, que tengo el honor de acompañaros, es el acto de pronunciamiento de esta población por la Presidencia en vuestra persona. Admitid, Señor, este voto de vuestros conciudadanos y permitidme protestaros las consideraciones de respeto con que me prefiero vuestro humilde servidor,

A. L. Villanueva”. (Edición y notas de E. Rodríguez Demorizi, C. Lazarrábal Blanco y V. Alfau Durán), publicado por el Instituto Duartiano, Vol. I, Editora del Caribe, C. Por A., Santo Domingo, R. D., 1970, página 84).

En carta fechada en Santiago, el día 20 de julio de 1844, como dice el connotado historiador Emilio Rodríguez Demorizi: “Duarte les dirige a sus amigos de Puerto Plata una de sus más bellas cartas”.

Duarte le dice a los puertoplateños en su carta de marras:

“Sensible a la honra que acabáis de hacerme, dispensándome vuestros sufragios para la primera Magistratura del Estado, nada me será más lisonjero que saber corresponder a ella llenando el hueco de vuestras esperanzas, no por la gloria que de ello me resultaría, sino por la satisfacción de veros, cual lo deseo, libres, felices, independientes y tranquilos, y en perfecta unión y armonía llenar vuestros destinos, cumpliendo religiosamente los deberes que habéis contraído con Dios, para con la Patria, para con la libertad y para con vosotros mismos”.

“Me habéis dado una prueba inequívoca de vuestro amor, y mi corazón agradecido debe dárosla de gratitud. Ella es ardiente como los votos que formo por vuestra felicidad. Sed felices, hijos de Puerto Plata, y mi corazón estará satisfecho aun exonerado del mando que queréis que obtenga; pero sed justo lo primero, si queréis ser felices. Ese es el primer deber del hombre; y sed unidos, y así apagareis la tea de la discordia y venceréis a vuestros enemigos, y la patria será libre y salva. Yo obtendré la mayor recompensa, la única a que aspiro, al veros libres, felices, independientes y tranquilos. Juan Pablo Duarte”. (obra citada, página 85).

El general Pedro Santana, al mando del Ejército Dominicano, hacía su entrada a Santo Domingo y controlaba la situación política del país.

El 22 de agosto de 1844, la Junta Central Gubernativa declaró a los trinitarios traidores a la Patria y expulsados a cadena perpetua del territorio nacional, incluyendo a su principal líder Juan Pablo Duarte, quien en esos momentos se encontraba en el Cibao.

El general Antonio López Villanueva y el padre Manuel González Regalado, viendo como Santana estaba manejando el país con la intención de ser Presidente de la República, se trasladan desde Puerto Plata a Santiago, y deciden trasladarlo nuevamente a Duarte a la villa de Puerto Plata.

Allí recibió la protección de sus amigos Pedro Eduardo Dubocq, Manuel González Regalado, Telésforo Pelefgrín, Pablo López Villanueva.

El general Duarte, se ocultó en la casa del general Pablo López Villanueva (donde vivía Fernando Cueto). A los pocos días hubo una delación.

De ahí fue ocultado en las faldas de Isabel de Torres, en una propiedad de Pedro Eduardo Dubocq (actualmente propiedad de los descendientes del fallecido Pomito Batlle Cernuda), siendo detenido allí en compañía de sus guardas espaldas: Gregorio del Valle y Juan Evangelista Jiménez, el 27 de agosto de 1844, por el general Ramón de Mena y otros soldados bajo  sus órdenes.

Se dijo en principio que Duarte fue invitado una plática en la fortaleza San Felipe. Tal aseveración no respondía a la verdad. De Mena era un incondicional del general Santana y cumplía sus órdenes.

El general de Mena lo condujo en calidad de prisionero a Duarte como a sus dos guardas espaldas Del Valle y Jiménez  y le acompañaba como amigo Pedro Eduardo Dubocq.

Al otro día el Padre González Regalado le visitó en la cárcel Sur del Castillo, o Cubo de Puerto Plata.

El presbítero González Regalado ha narrado la prisión de Duarte así: “En la tarde del 27 de agosto cruza Duarte la ciudad. Se comenta engañosamente que se le ha invitado a una pacífica conversación a la Fortaleza. En verdad, se le conduce preso desde la estancia del general Antonio López Villanueva situada a las faldas de Isabel de Torres. Lo acompañan en calidad de prisioneros los generales Valle y Evangelista  y de amigo pródigo y leal don Pedro Eduardo Dubocq. A corta distancia con amenazantes trabucos, sus cinco aprehensores comandados por el general Mena.

“Los moradores de la ciudad asomados a sus puertas, parecen asombrados de aquella vejación al más puro de los dominicanos.

“Venciendo la repelente dureza de las autoridades santanistas que me eran marcadamente hostiles e imponiéndome como sacerdote que iba a llevar consuelos espirituales a un detenido prominente, encamíneme  en la mañana del 29 de agosto al Fuerte San Felipe conduciéndome a la celda del sur del Castillo, pieza encajonada y sombría que ya me era conocida. Duarte, sorprendido al verme, acercó su atormentada cabeza contra los férreos barrotes de la puerta. ¡Qué de hondas tribulaciones asediaban aquel espíritu en aquellas horas tan a ciegas! Hablamos con fraterna comprensión de aquel maremágnum de pruebas y de nuestros empeños fallidos por contrarrestar la anarquía que se enseñoreaba. Por desgracia, la oposición  no estaba respaldada por nombres de violencias. Se requería derramar sangre, victimar hermanos y los adeptos al Maestro veíamos con repulsión aquel paso reprobado por nuestra conciencia hechas a las pacíficas batallas del espíritu. Duarte, que me había escuchado como en un místico adormilamiento, estremeciese de súbito. “Quisiera abrazarte, padre y que me diera fortaleza y templanza en este instante tan amargo. Me ha asaltado el temor de que se me fusile y quiero antes que me confieses. Morir…, cuando aún hay tantos esfuerzos que prestarle a nuestra infortunada patria. En estos días ha vacilado entre una determinación violenta o alejarme de estos vínculos santos con la libertad y el patriotismo. Más…, parece que todo ha sido tardío y que un sino desgraciado se cierne sobre nosotros“.

“El inconsciente carcelero nos contempla en esta escena sin poder interpretar nuestros diálogos. El también, aún sin alma para plasmar aquellas sensaciones desgárrenles, parecía tan solo interpretar el dolor de aquella alma lacerada.

“Dejé a Duarte aquella tarde consolado. Me dijo que debía rogar por su suerte lanzada en el abismo. Dios, nuestro Señor, que es amor y misericordia, había de darle consuelo a un afligido de su temple.

“Quise verle de nuevo y llevarle noticias de la vil sentencia promulgada por el Presidente Santana en fecha 22 de agosto, expulsando a perpetuidad del territorio patrio a luchadores irreductibles por una regeneración patria, quienes cinco meses antes eran nuestros más glorificados libertadores“.

Desembarcó en Puerto Plata, Juan Isidro Pérez, el Ilustre Loco, quien de inmediato se dirigió a la fortaleza dispuesto a correr la misma suerte que su amigo Duarte.

A los pocos días son embarcados Duarte, Pérez, del Valle y Jiménez para Santo Domingo a bordo de la goleta de guerra Separación, en la cual había regresado el fundador e ideólogo de La Trinitaria al país, después de la proclamación de la Independencia en marzo de 1844.

Los trinitarios fueron expulsados del país. En el año 1848,  acogiéndose a la ley de amnistía dictada por el Presidente Manuel Jimenes, excepto Duarte, que no regresó. Algunos de los trinitarios claudicaron a los principios duartianos y otros siguieron intactos.  Después de su renuncia a los principios duartianos, rectificaron a los mismos.

Juan Pablo Duarte y Diez, intentó regresar de nuevo al país en 1964 para apoyar la Guerra Restauradora, pero fue sacado a los pocos días, y jamás regresó, muriendo en Caracas,  Venezuela, el hijo de Juan José Duarte y Manuela Diez, el 15 de julio de 1976.