La hermana de Duarte ha dicho al respecto en sus “Apuntes de Rosa Duarte”, que copiado textualmente dice así:
“Se le aclama Presidente de la República, y recibe una comisión con el acta de pronunciamiento del pueblo que dice: Puerto Plata, julio 11 de 1844, de la Patria.
Comandante General del Departamento
Sr. Gral. J. P. Duarte:
La copia adjunta, que tengo el honor de acompañaros, es el acta de pronunciamiento de esta población por la Presidencia en vuestra persona. Admitid, Señor, este voto de vuestros conciudadanos y permitidme protestaros las consideraciones de respeto con que me prefiero vuestro humilde servidor,
Villanueva”.
En carta fechada en Santiago, el día 20 de julio de 1844, como dice el connotado historiador Emilio Rodríguez Demorizi: “Duarte les dirige a sus amigos de Puerto Plata una de sus más bellas cartas”.
Duarte les dice a los puertoplateños en su carta de marras:
“Sensible a la honra que acabáis de hacerme, dispensándome vuestros sufragios para la primera Magistratura del Estado, nada me será más lisonjero que saber corresponder a ella llenando el hueco de vuestras esperanzas, no por la gloria que de ello me resultaría, sino por la satisfacción de veros, cual lo deseo, libres, felices, independientes y tranquilos, y en perfecta unión y armonía llenar vuestros destinos, cumpliendo religiosamente los deberes que habéis contraído con Dios, para con la Patria, para con la libertad y para con vosotros mismos.
“Me habéis dado una prueba inequívoca de vuestro amor, y mi corazón agradecido debe dárosla de gratitud. Ella es ardiente como los votos que formo por vuestra felicidad. Sed felices, hijos de Puerto Plata, y mi corazón estará satisfecho aun exonerado del mando que queréis que obtenga; pero sed justos lo primero, si queréis ser felices. Ese es el primer deber del hombre; y sed unidos, y así apagaréis la tea de la discordia y venceréis a vuestros enemigos, y la patria será libre y salva. Yo obtendré la mayor recompensa, la única a que aspiro, al veros libres, felices, independientes y tranquilos. Juan Pablo Duarte”.
El general Pedro Santana, al mando del Ejército Dominicano, hacía su entrada a Santo Domingo y controlaba la situación política del país.
El 22 de agosto de 1844, la Junta Central Gubernativa declaró a los trinitarios traidores a la patria y expulsados a cadena perpetua del territorio nacional, incluyendo a su principal líder Juan Pablo Duarte, quien en esos momentos se encontraba en el Cibao.
El general Antonio López Villanueva y el Padre Manuel González Regalado, viendo cómo Santana estaba manejando el país con la intención de ser presidente de la República, se trasladan desde Puerto Plata a Santiago, y deciden trasladar nuevamente a Duarte a la villa de Puerto Plata.
Allí recibió la protección de sus amigos Pedro Eduardo Dubocq, Manuel González Regalado, Telésforo Pelegrín, Pablo López Villanueva y otros.
El general Duarte, se ocultó en la casa del general Pablo López Villanueva (donde vive actualmente Fernando Cueto). A los pocos días hubo una delación.
De ahí fue ocultado en las faldas de Isabel de Torres, en una propiedad de Pedro Eduardo Dubocq, siendo detenido allí en compañía de sus guardaespaldas: Gregorio del Valle y Juan Evangelista Jiménez, el 27 de agosto de 1844, por el general Ramón de Mena y otros soldados bajo sus órdenes.
Se dijo en principio que Duarte fue invitado a una plática en la fortaleza San Felipe de Puerto Plata. Tal aseveración no respondía a la verdad. De Mena era un incondicional del general Santana y cumplía sus órdenes.
El general De Mena lo condujo en calidad de prisionero a Duarte como a sus dos guardaespaldas Del Valle y Jiménez y le acompañaba su amigo Pedro Eduardo Dubocq.
Al otro día, el padre González Regalado le visitó en la cárcel Sur del Castillo, o Cubo de Puerto Plata.
Desembarcó en Puerto Plata, Juan Isidro Pérez, el Ilustre Loco, quien de inmediato se dirigió a la fortaleza dispuesto a correr la misma suerte que su amigo Duarte.
A los pocos días son embarcados Duarte, Pérez, del Valle y Jiménez para Santo Domingo a bordo de la goleta de Guerra Separación, en la cual había regresado el fundador e ideólogo de La Trinitaria al país, después de la proclamación de la Independencia en marzo de 1844.
Los trinitarios fueron expulsados del país. Los dos caudillos surgidos al fragor de las luchas del pueblo dominicano, como fueron: Pedro Santana y Buenaventura Báez, se alternaban en la Presidencia de la República.