Las aguas de rio que fueron cristalinas, limpias e invitaban al baño cotidiano de las personas, están sometidas a un grado de contaminación por parte de empresas que vierten sus desechos sólidos en ese afluente y por dueños de vehículos que lo utilizan para el lavado de los mismos.
Igualmente, propietarios de pocilgas lanzan con frecuencia a sus aguas los excrementos de sus cerdos y los residuos de los alimentos con que éstos crían los mismos para luego venderlos en carnicerías y supermercados.
También personas desaprensivas lanzan productos químicos a dicho río para capturar las especies de agua dulce, cuyas aguas desembocan al Océano Atlántico por la zona de Costámbar.
Tanto la contaminación y la tala de árboles que personas desconocidas llevan a cabo en su ribera son parte de los factores que han provocado un descenso en el caudal de agua del río San Marcos.
Igualmente, con frecuencia se observa a flotillas de camones cuyos dueños extraen material de su ribera para luego venderlo a ingenieros y a dueños de construcciones, sin que por el momento aparezca una autoridad competente que ponga freno a esta situación.
Residentes en la comunidad de San Marcos, distante a unos cinco kilómetros del casco urbano de la ciudad, llamaron a las autoridades de la Secretaria de Estado de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARENA), en Puerto Plata, emprender acciones para evitar la desaparición de dicho río.
