Esta edificación fue construida luego de que los indígenas orientados por el cacique Caonabo se revelaron contra los abuso cometidos por los colonizadores europeos en el Fuerte de la Navidad.

 

En esta edificación fue donde por vez primera se realizó una misa católica en suelo americano, la que fue oficiada el 6 de Enero de 1494 a cargo de Fray Bernardo Boyl, quien fue acompañado de unos doce sacerdotes españoles.

 

Según los datos históricos con sultados el nombre de La Isabela se le dio en honor a la reina española Isabel La Católica, para quien el Almirante tenía singular distinción, ya que la monarca  puso a disposición del genovés de la mar oceánica las facilidades para emprender los primeros y demás viajes que marcaron la extensión de la civilización hacia Occidente.

 

La Isabela se compuso de unas doscientas casas de madera, las cuales fueron construidas en cuatro días, incluso según el arqueólogo catalán, Josep Maria Cruxent Roura, también había edificaciones de piedra, entre las cuales se encontraban: “La torre del Observatorio, segunda casa de Cristóbal Colón y la Iglesia.

 

Su primer alcalde nombrado por Colón y ratificado por los Reyes Católicos fue Antonio De Torres.

 

Además esta ciudadela se construyó como base de la cual se establecería la presencia y dominio de los españoles en las Indias, y fue el hogar americano de Colón.