El presbítero González Regalado ha narrado la prisión de Duarte así: “En la tarde del 27 de agosto cruza Duarte la ciudad. Se comenta engañosamente que se le ha invitado a una pacífica conversación a la Fortaleza. En verdad, se le conduce preso desde la estancia del general Antonio López Villanueva situada a las faldas de Isabel de Torres. Lo acompañan en calidad de prisioneros los generales Valle y Evangelista y de amigo pródigo y leal don Pedro Eduardo Dubocq. A corta distancia con amenazantes trabucos, sus cinco aprehensores comandados por el general Mena.

“Los moradores de la ciudad asomados a sus puertas, parecen asombrados de aquella vejación al más puro de los dominicanos.

“Venciendo la repelente dureza de las autoridades santanistas que me eran marcadamente hostiles e imponiéndome como sacerdote que iba a llevar consuelos espirituales a un detenido prominente, encamíneme en la mañana del 29 de agosto al Fuerte San Felipe conduciéndome a la celda del sur del Castillo, pieza encajonada y sombría que ya me era conocida. Duarte, sorprendido al verme, acercó su atormentada cabeza contra los férreos barrotes de la puerta. ¡Qué de hondas tribulaciones asediaban aquel espíritu en aquellas horas tan a ciegas! Hablamos con fraterna comprensión de aquel maremágnum de pruebas y de nuestros empeños fallidos por contrarrestar la anarquía que se enseñoreaba. Por desgracia, la oposición no estaba respaldada por nombres de violencias. Se requería derramar sangre, victimar hermanos y los adeptos al Maestro veíamos con repulsión aquel paso reprobado por nuestra conciencia hechas a las pacíficas batallas del espíritu. Duarte, que me había escuchado como en un místico adormilamiento, estremeciese de súbito. “Quisiera abrazarte, padre y que me diera fortaleza y templanza en este instante tan amargo. Me ha asaltado el temor de que se me fusile y quiero antes que me confieses. Morir…, cuando aún hay tantos esfuerzos que prestarle a nuestra infortunada patria. En estos días ha vacilado entre una determinación violenta o alejarme de estos vínculos santos con la libertad y el patriotismo. Más…, parece que todo ha sido tardío y que un sino desgraciado se cierne sobre nosotros “.

“El inconsciente carcelero nos contempla en esta escena sin poder interpretar nuestros diálogos. El también, aún sin alma para plasmar aquellas sensaciones desgárrenles, parecía tan solo interpretar el dolor de aquella alma lacerada.

“Dejé a Duarte aquella tarde consolado. Me dijo que debía rogar por su suerte lanzada en el abismo. Dios, nuestro Señor, que es amor y misericordia, había de darle consuelo a un afligido de su temple.

“Quise verle de nuevo y llevarle noticias de la vil sentencia promulgada por el Presidente Santana en fecha 22 de agosto, expulsando a perpetuidad del territorio patrio a luchadores irreductibles por una regeneración patria, quienes cinco meses antes eran nuestros más glorificados libertadores “.

Desembarcó en Puerto Plata, Juan Isidro Pérez, el Ilustre Loco, quien de inmediato se dirigió a la fortaleza dispuesto a correr la misma suerte que su amigo Duarte.

A los pocos días son embarcados Duarte, Pérez, del Valle y Jiménez para Santo Domingo a bordo de la goleta de guerra Separación, en la cual había regresado el fundador e ideólogo de La Trinitaria al país, después de la proclamación de la Independencia en marzo de 1844.

Los trinitarios fueron expulsados del país. En el año 1848,  acogiéndose a la ley de amnistía dictada por el Presidente Manuel Jimenes, excepto Duarte, que no regresó. Algunos de los trinitarios claudicaron a los principios duartianos y otros siguieron intactos.  Después de su renuncia a los principios duartianos, rectificaron a los mismos.

Juan Pablo Duarte y Diez intentó regresar de nuevo al país en 1964 para apoyar la Guerra Restauradora, pero fue sacado a los pocos días y jamás regresó, muriendo en Caracas,  Venezuela, el hijo de Juan José Duarte y Manuela Diez, el 15 de julio de 1976, en una pobreza increíble.